Aproximativ 70%-80% din suprafata Japoniei se constituie din munti impaduriti, fapt ce face ca o mare parte din teritoriu sa nu poata fi folosit in agricultura, industrie sau pentru zone rezidentiale.
Pentru ca se afla pe Arcul de Foc al Pacificului, unde se intalnesc trei placi tectonice, in Japonia au loc foarte des cutremure de intensitati mici si medii, iar de cateva ori in fiecare secol au loc cutremure devastatore cum a fost cutremurul din Kanto in 1923 si cel din Kobe in 1995.
Exista foarte multe izvoare termale care au fost transformate in statiuni tursitice. Japonezii sunt foarte pasionati de baile termale.
Raurile in Japonia sunt caracterizate prin lungimile lor relativ mici si prin malurile abrupte. Un inginer danez a spus: “acesta nu este un rau, este o cascada”, descriere ce ar putea fi aplicat la cele mai multe rauri. Raurile izvorasc din munti, coboara prin vai inguste si formeaza campii aluvionare unde se cultiva orez. Cel mai lung rau este Shinano care porneste din Nagano si se intinde pana in Niigata. Raul Tone este cel care asigura apa pentru 30 de milioane de oameni din zona metropolitana Tokyo.
Cel mai mare lac de apa dulce din Japonia este Lacul Biwa (Biwa-ko).
