Pe plan intern a consolidat şi sistematizat structurile bisericeşti şi administrative ale ţării. A reuşit să pună capăt conflictului cu Patriarhia din Constantinopol, izbucnit ca urmare a refuzului scaunului ecumenic de a-l recunoaşte pe Iosif, o rudă a lui Petru Muşat, ca episcop. Patriarhia din Constantinopol a recunoscut în anul 1401 Mitropolia Moldovei, aflată la Suceava. O consacrare a statului legal al mitropoliei moldovene a fost aducerea de către Alexandru a moaştelor Sf. Ioan - un negustor din Trapezunt, martirizat de tătari la Cetatea Albă (Crimeea) - la Suceava. Organizarea vieţii bisericeşti a fost continuată prin înfiinţarea a două noi eparhii, Episcopia Romanului şi Episcopia Rădăuţilor.Conform tradiţiei istorice, păstrată în cronica lui Grigore Ureche, Alexandru este fondatorul mai multor dregătorii, printre care cea de logofăt, vornic, spătar,vistiernic, etc. De altfel, el a stabilit şi atribuţiile dregătorilor în condiţiile progresului social şi economic al ţării.Alexandru şi-a pus amprenta şi pe dezvoltarea economică a ţării. El a reglementat legăturile comerciale cu Polonia, acordând mari privilegii vamale negustorilor din Lvov, în 1408 şi cu Transilvania, deşi nu se cunoaşte decât indirect privilegiul domnului Moldovei în favoarea negustorilor din Braşov
